Középiskoláit Désaknán végezte, egyetemi diplomát 1913-ban, a kolozsvári egyetemen szerzett, mint természetrajz-földrajz szakos tanár. 1914-ben szerzett doktori címet, majd bevonult katonának és az I. világháború alatt három évig teljesített frontszolgálatot. Ezt követően, 1917-től 1943-ig, nyugalomba vonulásáig, a soproni Honvéd Főreáliskola katonatanára. A szegedi egyetemen 1919-ben hidrobiológus magántanári képesítést kapott. Második otthonában, Sopronban került kapcsolatba az Erdészeti és Bányászati Főiskola talajtani tanszékével és annak vezetőjével, Fehér Dániellel, akinek révén a hidrobiológia mellett talajbiológiával is elkezd foglalkozni. 1957-től az MTA Talajbiológiai Kutató Laboratórium soproni kirendeltségének vezetője, valamint az Erdőmérnöki Főiskola (ma a Soproni Egyetem Erdőmérnöki Kara) tanszékvezető tanára.

Hidrobiológusként elsősorban kerekesférgekkel (Rotatoria) foglalkozott, hamar a csoport nemzetközi hírű szakértője volt. Munkái során jellemző volt, hogy nem elégedett meg az egyszerű faunisztikai vizsgálatokkal, elsősorban ökológiai szemmel, számos háttérváltozót (pH, vízkémia, hőmérséklet, életközösség) végezte kutatásait. Munkássága során 19 tudományra nézve új kerekesféreg taxont írt le (és persze számos további fajt a Rhizopoda-k és Gastrotricha-k közül). Az általa leírt fajok közül kiemelkedik a Rhinops fertoeensis, melyet a fertői kutatásai során írt le (Varga 1929). A hidrobiológia mellett jelentős érdemeket szerzett többek között az erdei talajok és a szikesek mikrofaunájának vizsgálatában, illetve Dudich Endre biztatására úttörő kutatásokat végzett a hazai barlangok, különösen a Baradla-barlang élővilágának feltárása során.

Mint soproni lakosra nagy hatással volt rá a Fertő tó, melynek állandó kutatója lett. Neki köszönhetjük a tó általános limnológiai jellemzését, a fizikai és kémiai tulajdonságok periodikus változásának leírását, az ismétlődő kiszáradások következtében beálló “katasztrófák” biológiai leírását. Mika Ferenccel együtt kutatták a tó halfaunáját és a Fertő halászatát, de részletesen foglalkoztak a Sopron környéki pisztrángtenyésztéssel is. A hidrobiológiai és limnológiai munkássága mellett a Fertőnek csaknem minden problémájához hozzászólt a Soproni Szemle vagy a helyi újságok hasábjain, illetve különféle bizottságokban. Gyakran éles kritikával illette a tó lecsapolását vagy kiszárítását felvető mérnököket és politikusokat.

Publikációi:

• Dudich, E. (1965): Contribution to the Literature of Lajos Varga (1890-1963). Opusc.Zool. 5 (2): 183-192.

Felhasznált irodalom:

• Dudich, E. (1965): Dr. Varga Lajos emlékezete. Állattani Közlemények 52.: 3-9.
• Dudich, E. (1963): Halottja van a magyar barlangbiológiának. Karszt és Barlang 1.: 45-46.
• Pántos, Gy. (1963): Dr. Varga Lajos 1890-1963. Soproni szemle 17 (4): 382-383.
• Sebestyén, O. (1964): Dr. Varga Lajos (1890-1963). Hidrológiai Közlöny 44 (9): 381-382.
• Vendel, M. (1991): Megemlékezés dr. Varga Lajosról születése 100. évfordulóján. Hidrológiai Tájékoztató 31 (1): 10-11.
• Varga, L. (1929: Rhinops fertöensis, ein neues Rädertier aus dem Fertö (Neusiedlersee). Zoologischer Anzeiger 79.: 236-253.